新規(guī)定對報關企業(yè)的審批機關由原規(guī)定的海關總署規(guī)定為直屬海關。這個變化的主要原因是，根據《行政許可法》的規(guī)定，只要符合條件就應依法做出許可決定。在此情況下，若仍由總署審批，總署將面臨著審核全國各地大量申請材料、并在20日內做出是否許可決定的壓力，現有的人力無法滿足申請企業(yè)數量增長的需要。

規(guī)定審批權下放至直屬海關，則把總署從審核申請材料、許可審批、許可事項變更等具體的事務中解脫出來，集中精力做好職能管理，加強對海關企業(yè)管理體系建設、報關服務市場監(jiān)管、企業(yè)誠信守法評估系統建立等宏觀性、協調性工作，有利于貫徹落實“誰審批、誰負責”的行政許可原則。直屬海關可以對報關企業(yè)實地核查、深入了解企業(yè)內部經營狀況，加強日常動態(tài)監(jiān)控，發(fā)揮屬地管理優(yōu)勢。